Le cadre institutionnel du RGAE est défini par le décret présidentiel n°2015/292 du 29 juin 2015 qui l'a institué. Ce décret a établi des organes de supervision, d'orientation, et d'exécution du RGAE. Le Recensement Général de l'Agriculture et de l'Elevage est placé sous la tutelle technique conjointe du Ministère de l'Agriculture et du Développement Rural et du Ministère de l'Elevage, des Pêches et des Industries Animales.

Un arrêté conjoint n°002/MINADER-MINEPIA signé le 27 mai 2016 précise l'organisation et le fonctionnement de la Coordination Nationale du RGAE.

La coordination, le contrôle et de l'exécution des opérations du RGAE sont assurés par les cinq (05) organes ci-après : 

  • Le Comité Technique National du RGAE (CTNRGAE) ;
  • La Coordination Nationale du RGAE (CNRGAE) ;
  • Les Commissions Régionales de Supervision du RGAE (CRSRGAE) ; 
  • Les Commissions Départementales de Supervision du RGAE (CDSRGAE) ;
  • Les Commissions d'Arrondissement de Supervision du RGAE (CASRGAE).
  • Le Comité Technique National du RGAE (CTNRGAE)

C'est l'organe de pilotage du RGAE. A cet effet, il supervise, oriente et formule les avis techniques sur le déroulement des opérations du RGAE.

Co-présidé par le Ministre en charge de l'Agriculture et le Ministre en charge de l'Elevage, le CTNRGAE est composé des représentants des différentes administrations impliquées dans ce recensement telles que : PR, PM, MINADER, MINEPIA, MINEPAT, MINEFI, MINDCAF, INS, BUCREP, INC, MINRESI/IRAD.

  • La Coordination Nationale du RGAE (CNRGAE) 

La Coordination Nationale du RGAE est le maître d'oeuvre de toutes les opérations du RGAE sur l'ensemble du territoire national. Placée sous l'autorité d'un Coordonnateur National, en charge des enquêtes et des statistiques agricoles au Ministère de l'Agriculture et du Développement Rural et, assisté d'un Coordonnateur National Adjoint en charge des enquêtes et des statistiques au Ministère de l'Elevage, des Pêches et des Industries Animales, la Coordination Nationale est structurée ainsi qu'il suit :

Au niveau central :

- 04 Unités Opérationnelles Spécialisées ;

- 06 Services d'Appui.

Au niveau déconcentré :

- 10 Coordinations Régionales ;

- 58 Coordinations Départementales ;

- 360 Coordinations d'Arrondissement.

  • Les Commissions Régionales de Supervision du RGAE (CRSRGAE) 

Les Commissions Régionales qui sont au nombre de dix (10), sont chargées de la supervision des opérations du RGAE dans les régions. Elles sont présidées par les Gouverneurs des régions. Les membres des Commissions régionales sont constitués des Préfets des départements concernés et des responsables régionaux des administrations suivantes : MINADER, MINEPIA, MINEPAT, MINDCAF, MINFOF, MINCOM, MINPROFF, MINRESI, INS, CAPEF, FMO, ainsi que des représentant de la société civile.

  • Les Commissions Départementales de Supervision du RGAE (CDSRGAE) 

Les Commissions départementales qui sont au nombre de cinquante-huit (58), sont chargées de la supervision des opérations du RGAE dans les départements.

Elles sont Présidées par les Préfets, et sont constituées des Sous-préfets et des responsables départementaux des CTD, MINADER, MINEPIA, MINEPAT, MINDCAF, MINPROFF, Gendarmerie nationale.

  • Les Commissions d'Arrondissement de Supervision du RGAE (CASRGAE) 

Au niveau des arrondissements, la supervision des opérations du RGAE est assurée par les Commissions d'Arrondissements, qui sont au nombre de trois cent soixante (360). Elles sont présidées par les Sous-Préfets et sont constituées des représentants locaux des CTD, MINADER, MINEPIA et la Gendarmerie Nationale.

Le Comité Technique Nationale ainsi que les Commissions régionales, départementales et d'arrondissements se réunissent en session ordinaire deux fois par an.